El 90% de los detenidos fue torturado. La tortura durante la dictadura stronista fue una manera de expresar el poder del Estado y de obtener la subordinación ciudadana al Gobierno. Afectaron sobre todo a los miembros de partidos políticos y a los movimientos sociales especialmente campesinos.
Las torturas no se limitaban solamente a castigos físicos sino también torturas psicológicas. La CVJ habla de 18.772 personas que fueron torturadas.
Las finalidades de la tortura eran la de obtener de la víctima o de un tercero información o confesión; castigarla por un acto que haya cometido, o que se sospeche que haya cometido; intimidar o coaccionar a esa persona o a otras, por cualquier razón basada en cualquier tipo de discriminación; o cualquier otro fin.