Al mismo tiempo que la CVJ realizó un análisis general sobre las violaciones de los derechos humanos con enfoque de género a todo el Informe Final, se propuso como relevante revisar también de manera especial y haciendo hincapié en los hechos violatorios que afectaron específicamente a las mujeres. La inclusión de un enfoque de género en el análisis de la violencia política ejercida en contra de las mujeres identifica la represión y violencia por parte del Estado, las características de estas violaciones sufridas y la relación de dichas violaciones con un papel subordinado de las mujeres en la sociedad, así como la consideración de la ideología del régimen respecto al papel de ellas y de su influencia en las violaciones de que fueron víctimas. Un problema frecuente es la invisibilización de las violaciones contra las mujeres debido a este papel subordinado y la no consideración de la importancia de las violaciones y el estigma que acompaña a algunas de ellas, además de ser considerados como “normales” o “naturales”
