Durante la dictadura de Stroessner se dio un total desconocimiento de la dignidad humana de los indígenas y se cometieron graves violaciones de los derechos humanos, como los ataques de civiles y militares contra comunidades de los pueblos Aché, Ayoreo, Maskoy y Toba Qom, como ejecuciones extrajudiciales de adultos y también de niños y ancianos, así como violaciones sexuales a las mujeres.