Otras prácticas contrarias a la condición humana impuestas a los indígenas y que ha conocido la Comisión fueron la apropiación de niños y niñas indígenas para ser destinados al criadazgo, a la venta u otras formas de servidumbre, como en el caso del pueblo Aché, así como el trabajo forzado u otras prácticas análogas a la esclavitud que afligieran a pueblos del Chaco, como el Enxet y el Maskoy. Otros casos refieren también a métodos de esterilización forzosa para prevenir nacimientos de niños y niñas indígenas aplicados con aquiescencia del Estado.