El 2 de mayo de 1933. Guerra del Chaco: Carlos José Fernández es nombrado director de la Escuela Militar.

El 2 de mayo de 1933, en plena Guerra del Chaco, el entonces teniente coronel Carlos José Fernández fue nombrado director de la Escuela Militar de Asunción.

Este nombramiento se produjo luego de su relevo del mando de la 1.ª División de Infantería, conocida como D1, en el frente de batalla. Su salida estuvo relacionada con la retirada estratégica que realizó desde el kilómetro 12 de Saavedra hacia Gondra, en marzo de ese mismo año, con el objetivo de evitar que su unidad quedara cercada por las fuerzas bolivianas tras la caída de Alihuatá.

Aunque la maniobra permitió salvar a parte importante de sus tropas, fue cuestionada por el comandante José Félix Estigarribia, lo que derivó en su alejamiento del frente.

Su designación al frente de la Escuela Militar marcó una nueva etapa en su carrera, esta vez orientada a la formación de oficiales en un momento decisivo para el Paraguay, cuando el país necesitaba cuadros militares preparados para sostener el esfuerzo de la guerra.