El 26 de agosto de 2011. Carlos Filizzola Pallarés asume la titularidad del Ministerio del Interior, en reemplazo de Federico Acuña.

El 26 de agosto de 2011, el médico y político Carlos Filizzola Pallarés juró oficialmente como ministro del Interior de la República del Paraguay.

Fue designado por el presidente Fernando Lugo en reemplazo del comisario retirado Federico Acuña, quien había presentado su renuncia por motivos de salud.

Filizzola asumió una de las carteras más sensibles del Poder Ejecutivo, encargada de la seguridad interna y del mantenimiento del orden público.

Su gestión se desarrolló en un periodo marcado por importantes desafíos políticos, sociales y de seguridad en el país.

Su paso por el Ministerio del Interior formó parte de una etapa de alta tensión institucional que se prolongaría hasta los cambios políticos producidos en 2012.