El 3 de septiembre de 1978. Carlos Milciades Villalba se recibe de la diócesis de Misiones y Ñeembucú.

El 3 de septiembre de 1978, monseñor Carlos Milcíades Villalba Aquino tomó posesión de la Diócesis de San Juan Bautista de las Misiones, que comprende los departamentos de Misiones y Ñeembucú.

Había sido nombrado obispo por el papa Pablo VI el 25 de julio de ese mismo año, sucediendo a monseñor Ramón Pastor Bogarín Argaña, primer titular de la diócesis.

Su ordenación episcopal y toma de posesión se realizaron el mismo 3 de septiembre, iniciando una extensa etapa de conducción pastoral.

Durante su ministerio adoptó como lema episcopal la expresión guaraní «Nde rérape Ñandejára», que significa «En el nombre de Dios».

Villalba Aquino permaneció al frente de la diócesis hasta 1999 y es recordado por su compromiso social y religioso con las comunidades de Misiones y Ñeembucú.