El 3 de octubre de 1942. Se crea la Dirección de Institutos Navales de Enseñanza.

El 3 de octubre de 1940 fue creada la Dirección de Institutos Navales de Enseñanza mediante la Orden General N.º 121 de la Dirección General de la Armada Paraguaya.

La nueva dependencia nació con el propósito de reunir y coordinar las distintas escuelas responsables de la formación del personal naval.

Con el paso del tiempo, la institución evolucionó hasta adoptar la denominación de Comando de Institutos Navales de Enseñanza, conocida actualmente por las siglas CINAE.

Entre sus funciones principales se encuentran la orientación, coordinación y supervisión de la educación e instrucción de oficiales, suboficiales y personal vinculado a la Marina Mercante Nacional.

Desde su creación, el CINAE se consolidó como uno de los principales centros de formación y capacitación profesional de la Armada Paraguaya.