El 17 de mayo de 1803. Por cédulas reales se crea la Intendencia de Misiones y se suprime el sistema de encomiendas.
El 17 de mayo de 1803, por Real Cédula, la Corona española creó la Intendencia o Gobernación de Misiones, separando administrativa y políticamente a los pueblos guaraníes de las jurisdicciones del Paraguay y Buenos Aires.
La nueva provincia comprendía los antiguos pueblos misioneros ubicados entre el río Tebicuary y la zona del río Ybycuí, vinculada al sistema de las antiguas reducciones guaraníes.
El rey designó como primer gobernador militar y político de esta región al teniente coronel Bernardo de Velasco, quien años más tarde tendría un papel central en la historia paraguaya como gobernador al momento de la independencia.
La misma disposición ordenó además la supresión del sistema de encomiendas, buscando proteger a los indígenas de abusos y formas de explotación.
Sin embargo, la aplicación de esta medida encontró resistencias por los intereses económicos de encomenderos y autoridades locales. Este decreto marcó un cambio importante en la administración colonial de las Misiones guaraníes.
