El 25 de mayo de 1865. Domingo Francisco Sánchez asume la vicepresidencia de la República.

El 25 de mayo de 1865, Domingo Francisco Sánchez asumió oficialmente la Vicepresidencia de la República del Paraguay.

Su designación fue realizada por decreto del presidente Francisco Solano López, en el contexto del inicio de la Guerra de la Triple Alianza, ante la inminente partida del mandatario hacia el frente de operaciones en el sur.

Sánchez quedó encargado de la administración civil del país en la retaguardia, cumpliendo un papel clave durante los años más difíciles de la contienda.

En 1868, ante el avance de las fuerzas aliadas, dispuso el traslado de la sede del gobierno desde Asunción hasta Luque.

A pesar de su avanzada edad, acompañó el repliegue del ejército paraguayo hasta los últimos momentos de la guerra.

Falleció el 1 de marzo de 1870, en la Batalla de Cerro Corá, el mismo día que el Mariscal Francisco Solano López, quedando ligado a la etapa final de la resistencia paraguaya.