El 27 de junio de 1945. Se crea la Flota Mercante del Estado.

El 27 de junio de 1945, el gobierno paraguayo promulgó el Decreto N° 9351, por el cual fue creada oficialmente la Flota Mercante del Estado.

La medida fue adoptada durante el gobierno del general Higinio Morínigo y representó un paso importante en la recuperación de la soberanía fluvial del Paraguay.

La creación de FLOMERES buscaba fortalecer la presencia estatal en el transporte por ríos, luego de décadas de debilidad en la navegación mercante nacional tras la Guerra de la Triple Alianza.

Uno de sus objetivos principales fue reducir la dependencia de compañías navieras extranjeras que controlaban gran parte del tráfico comercial en los ríos de la región.

La institución quedó vinculada a una estructura de gestión integrada por sectores navales y organismos del Estado, especialmente relacionados con obras públicas, industria y comercio.

Con el tiempo, la Flota Mercante del Estado se convirtió en una herramienta estratégica para el transporte de cargas y pasajeros.

Durante las décadas de 1970 y 1980 alcanzó una etapa de gran actividad, llegando a contar con numerosas embarcaciones en rutas fluviales e internacionales.

Sus servicios contribuyeron al comercio exterior, al movimiento de mercaderías y a la integración del Paraguay con los puertos de la región.

A comienzos de la década de 1990, en el marco de reformas estatales, la flota fue fragmentada y privatizada.

Ese proceso llevó a la desaparición definitiva de la empresa pública y abrió una nueva etapa para el desarrollo del sector naviero privado.

La creación de la Flota Mercante del Estado quedó como un hito en la historia del transporte fluvial paraguayo y en los esfuerzos por afirmar la presencia nacional sobre sus vías navegables.