El 5 de mayo de 1725. Martín de Barúa asume la gobernación del Paraguay.

El 5 de mayo de 1725 asumió oficialmente Martín de Barúa como gobernador del Paraguay, en una etapa marcada por las tensiones posteriores a la primera fase de la Revolución Comunera.

Fue nombrado por el virrey del Perú, José de Armendáriz, y llegó a Asunción acompañado por Bruno Mauricio de Zabala, quien había intervenido para pacificar la provincia tras la huida de José de Antequera y Castro.

Durante su gobierno se fundaron importantes localidades, entre ellas Carapeguá, el 14 de mayo de 1725, e Itauguá, el 27 de junio de 1728, conocida posteriormente como la Ciudad del Ñandutí.

Su gestión también estuvo marcada por conflictos con la Compañía de Jesús, debido a la influencia de los jesuitas en las misiones y a las disputas políticas y económicas de la época.

El mandato de Martín de Barúa finalizó en 1730. Su reemplazo generó resistencia en Asunción, donde parte del pueblo prefería que continuara en el cargo, hecho que volvió a encender los ánimos comuneros.

Luego se retiró a Buenos Aires, donde falleció en 1739.