El 18 de agosto de 1993. Lino César Oviedo asume la Comandancia del Ejército nacional.

El 18 de agosto de 1993, el general de división Lino Oviedo asumió oficialmente la Comandancia del Ejército Paraguayo, designado por el presidente Juan Carlos Wasmosy.

Desde ese cargo consolidó una fuerte influencia dentro de las Fuerzas Armadas y adquirió un creciente protagonismo en la vida política nacional.

Durante su gestión impulsó acciones vinculadas con la presencia militar en el Chaco y promovió iniciativas contra el narcotráfico y de apoyo a distintas zonas del país.

Oviedo permaneció al frente del Ejército hasta el 24 de abril de 1996, cuando fue relevado en medio de una grave crisis institucional con el Poder Ejecutivo.

Su salida de la comandancia marcó el inicio de una nueva etapa de confrontación política y de su posterior incursión directa en la actividad partidaria.