El 16 de octubre de 1939. Se crea un Museo Histórico Militar.

El 16 de octubre de 1939 fue promulgado en Paraguay el Decreto N.º 17.730, mediante el cual se dispuso la creación del museo precursor del actual Museo Militar.

La nueva institución quedó bajo la dependencia del entonces Ministerio de Guerra y Marina y tuvo como primera sede la antigua residencia del general Bernardino Caballero, ubicada en el parque que lleva su nombre en Asunción.

En 1942, mediante el Decreto Ley N.º 14.504, la institución adoptó formalmente la denominación de Museo Histórico Militar.

Años más tarde, en agosto de 1958, el museo fue trasladado al edificio del Ministerio de Defensa Nacional, donde continuó desarrollando sus funciones de conservación y difusión del patrimonio histórico militar.

Su acervo reúne armas, uniformes, banderas, documentos, trofeos y otras reliquias vinculadas principalmente con la Guerra de la Triple Alianza y la Guerra del Chaco, constituyéndose en uno de los principales repositorios de la memoria militar paraguaya.